Le Confiteor est cité pour la première fois dans le cadre de l'introduction de la messe de Bernold de Constance (mort en 1100). La forme tridentine du Confiteor se trouve dans " l'Ordo Romanus XIV " du XIVe siècle avec une légère différence, puis se trouve mot pour mot dans un décret du troisième concile de Ravenne (1314).

Au Moyen Âge, la forme du Confiteor et surtout la liste des saints qu'il invoquait variaient considérablement. Les Ordres chartreux, carmélites et dominicains, dont les missels existaient alors depuis plus de 200 ans, furent autorisés après 1570, à conserver des formes de confiteor différentes de celle du missel tridentin. Ces trois formulaires étaient assez courts et ne contenaient qu'un seul « mea culpa » ; les Dominicains invoquaient, outre la Sainte Vierge, saint Dominique. D'ailleurs, quelques autres ordres eurent le privilège d'ajouter le nom de leur fondateur après celui de saint Paul. Les franciscains, par exemple, ont inséré le nom de François d'Assise et de nombreuses maisons bénédictines ont ajouté le nom de leur fondateur, saint Benoît. Le patron local a été inséré au même endroit dans quelques usages locaux.

Dans toutes les éditions du Missel romain tridentin de 1570 à 1962, le texte du Confiteor est resté inchangé, mais il y a eu des changements dans les rubriques connexes et dans la formulation de la prière Misereatur avec laquelle les servants d'autels répondaient au Confiteor du prêtre et vice et versa. Dans le Missel romain tridentin original, promulgué et publié par le pape Pie V en 1570, cette prière comprenait l'expression dimissis omnibus peccatis vestris/tuis ("pardonne tous tes péchés"); mais en 1604, un autre pape, Clément VIII, révisa le Missel romain tridentin de 1570 et, entre autres changements, supprima le mot omnibus ("tous") de cette prière.

En 2021, une nouvelle traduction française officielle est publiée.

Le Confiteor était récité au début de la messe pendant les prières au bas de l'autel, et à la communion des fidèles. Le deuxième confiteor a été supprimé par le pape Jean XXIII dans son code des rubriques de 1960. Le Caeremoniale Episcoporum prévoyait également que, lorsqu'un évêque célébrait la messe solennelle, le diacre devait chanter le Confiteor après le sermon et avant que l'évêque n'accorde une indulgence. Les éditions tridentines du Missel romain prescrivaient que le prêtre devait s'incliner profondément devant l'autel tout en récitant le Confiteor avec les mains jointes et qu'il devait rester incliné jusqu'à ce que le ou les servants commencent leur récitation du Confiteor.

De 1604 à 1962, le Missel romain prescrit également qu'aux mots mea culpa, mea culpa, mea maxima culpa, ceux qui récitent le Confiteor se frappent trois fois la poitrine. Ni l'édition tridentine originale (1570) du Missel romain ni les éditions Vatican II (à partir de 1970) ne précisent le nombre de fois. Aucune édition ne précise la forme du battement de sein, sauf pour dire qu'il doit être fait avec la main droite. Que la main doit être serrée dans un poing est défendu par certains et rejeté par d'autres. Augustin d'Hippone écrivait, à propos de ce geste, : "A peine avez-vous entendu le mot 'Confiteor', que vous vous frappez la poitrine. Qu'est-ce que cela veut dire sinon que vous voulez mettre en lumière ce qui est caché dans la poitrine, et par cet acte nettoyer vos péchés cachés ?" (Sermo de verbis Domini, 13), et saint Jérôme de même: « Nous frappons notre poitrine, car la poitrine est le siège des mauvaises pensées : nous voulons chasser ces pensées, nous voulons purifier nos cœurs » (Ezechiel, XVIII).